Com a implantação da República (1889) e a promulgação da Constituição Estadual do Rio Grande do Sul (1892), ficou delegada à Câmara dos Deputados Estaduais a competência de examinar o emprego dos recursos públicos gaúchos e de aprovar, no todo ou em parte, as contas anualmente apresentadas pelo Poder Executivo.
A história do Tribunal começa em maio de 1935, ocasião em que o Parecer da Comissão Constitucional sobre emendas ao anteprojeto da Constituição do Estado foi submetido ao Plenário da Assembleia Legislativa do Estado. Foi relator deste Parecer o Deputado Moisés Vellinho que, mais tarde, viria a integrar o Corpo de Juízes do Tribunal de Contas. Somente em 26 de junho de 1935 é que o então Governador, General Flores da Cunha, assinou o Decreto n° 5.975, criando o Tribunal de Contas do Estado do Rio Grande do Sul, com as atribuições de acompanhar a execução orçamentária do Estado e dos Municípios e de julgar as contas dos responsáveis por dinheiros e bens públicos. Também ficou estabelecido que toda e qualquer iniciativa da administração do Estado ou dos Municípios que importasse despesas não previstas em seus respectivos orçamentos passaria a ser submetida ao registro prévio do Tribunal.
Em 24 de julho de 1935, o novo Órgão de Controle foi instalado. Por um breve período, funcionou nas dependências da Secretaria de Estado dos Negócios do Interior, mas, em seguida, mudou-se para as dependências do prédio da Secretaria de Estado dos Negócios do Interior e Obras Públicas, na rua Siqueira Campos, em Porto Alegre.
O quadro funcional era composto por 35 servidores, transferidos do Tesouro do Estado e do Departamento de Administração Municipal. Naquele ano, o Rio Grande do Sul possuía apenas 86 Municípios e uma população de aproximadamente três milhões de pessoas.
O Diploma Constitucional determinava que os Juízes seriam em número de cinco, nomeados pelo Governador com aprovação da Assembleia Legislativa do Estado, e gozariam das mesmas garantias dos Desembargadores do Tribunal de Justiça.
Em 2 de julho de 1935, o Decreto n° 6.004 nomeou os cinco Juízes que constituíram o primeiro Plenário da Corte: Ercílio Inácio Domingues, Viriato Vargas, Ulysses Rodrigues, Fernando Olinto de Abreu Pereira e João Antunes da Cunha. Para Procurador do Estado junto ao Tribunal, foi indicado Gonçalo Marinho e, para Auditores, Carlos Itiberê de Moura e Francisco Juruena.
Em 7 de julho de 1939, com a ditadura do Estado Novo, foi publicado o Decreto n° 7.858, que extinguiu todos os Tribunais de Contas do Brasil. Esta situação permaneceu até 24 de outubro de 1945, quando o então Interventor Federal, General Ernesto Dornelles, articulou a reativação da Instituição, pela necessidade urgente de controlar a administração pública (Decreto Lei n° 947). Logo após, o governador Ernesto Dornelles expediu os atos de nomeação dos sete Juízes da Corte de Contas: José Acioli Peixoto, Moisés Vellinho, Demétrio Mércio Xavier, Carlos Eurico Gomes, Camilo Teixeira Mércio, Guilhermino César e Antônio Brochado da Rocha. Como Auditores, foram nomeados Francisco Juruena, Telmo Dias Vergara, Mário Antunes da Cunha, Raul da Silva Gudolle e Álvaro de Magalhães; e, como Procurador, Eurico de Souza Rodrigues.
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As atividades foram retomadas no Palacete do Alto da Bronze, onde o Tribunal permaneceu por mais cinco anos. A nova Constituição Federal, promulgada em 1946, ampliou as atribuições da Corte. A operacionalidade do TCE- RS se estendeu às administrações municipais.
Na sequência, em decorrência de uma mudança total da política nacional, foi implantado o chamado "Governo dos Magistrados". Contudo, ficou assegurada a existência do Tribunal de Contas, dando início, assim, a segunda fase de sua história. Nessa etapa, a denominação "Juízes" foi substituída por "Ministros" e, em 1970, por "Conselheiros".
Nesta segunda fase, a tarefa inicial do Corpo de Ministros e dos funcionários do Tribunal de Contas foi reestruturar o Órgão. Durante três meses, o Tribunal de Contas se instalou no mesmo lugar onde funcionara antes da sua extinção, ocupando algumas salas da antiga Secretaria de Obras Públicas.
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Posteriormente, o Tribunal de Contas do Estado do Rio Grande do Sul transferiu-se para a atual sede própria, cuja construção foi iniciada em 26 de maio de 1957, sob a presidência de Carlos Eurico Gomes. As obras prosseguiram durante a gestão do Conselheiro Eurico Trindade Neves e foram concluídas em 17 de novembro de 1961, durante a Presidência de Francisco Juruena.
Em 1972, foi editada a Lei 6.493, que reestruturou o quadro de pessoal do TCE-RS, criando os cargos de inspetor de controle externo, revisor de controle externo, auxiliar de controle externo e auxiliar de expedição e limpeza. Neste período, se desenvolveu a ideia de um corpo técnico multidisciplinar, composto por profissionais com formação em Direito, Contabilidade, Economia, Administração e Engenharia, entre outros.
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Em 1973, a sede passou pela primeira ampliação, com a construção de um 4º andar, sob a presidência do conselheiro Poty Medeiros. Foi neste período, também, que teve início a redação do anteprojeto de Lei Orgânica para o TCE-RS, que mais tarde transformou-se em Lei Estadual nº 6.850, de 20 de dezembro de 1974.
A década de 80 é marcada por investimentos em crescimento, orientação e cultura. Em 1982 foi fundado o Coral do TCE, que fez sua primeira apresentação às vésperas do Natal, tendo o artista gaúcho Dante Barone como paraninfo.
Em 1987, foi inaugurada a primeira Inspetoria Regional, em Passo Fundo, seguida pelos Serviços de Caxias do Sul, Santa Maria, Santo Ângelo e Pelotas em 1988, além de Uruguaiana, em 1989.
Com a Constituição Federal de 1988, a atuação do TCE-RS foi ampliada, sobrecarregando alguns Serviços Regionais de Auditoria, como Passo Fundo e Santo Ângelo. Foram criadas, então, as Regionais de Frederico Westphalen e Erechim, em 1990.
A promulgação da Constituição Estadual, em 3 de outubro de 1989, alterou a forma de indicação dos conselheiros do TCE, até então escolhidos pelo Governador do Estado. O novo regramento determinou que o chefe do Executivo passasse a ter a livre indicação de apenas um membro, enquanto outros dois seriam apontados por ele por intermédio de listas tríplices formuladas pelo Ministério Público de Contas e pelos conselheiros substitutos. Os outros quatro membros do Conselho eram indicados pela Assembleia Legislativa.
Em 1991, o TCE-RS implantou seus sistemas de informática, iniciando o desenvolvimento dos sistemas corporativos pelos próprios técnicos da Corte. O primeiro computador multiusuário e um gerenciador de banco de dados foram adquiridos.
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Em 1992, durante a gestão do Conselheiro-Presidente Romildo Bolzan, o prédio-sede do Tribunal foi ampliado e remodelado.
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Em 1998, diante da necessidade de ampliação do espaço físico, o então Conselheiro-Presidente Porfírio Peixoto deu início ao processo de aquisição de outro prédio, localizado junto ao Banco do Estado do Rio Grande do Sul. As novas instalações foram direcionadas, essencialmente, para as atividades do Corpo Técnico, sendo inauguradas na gestão do Conselheiro Helio Saul Mileski, no ano de 2001.
Antes da virada do milênio, a Corte desenvolveu o projeto de Gerenciamento Eletrônico de Documentos, abrangendo os processos de prestação de contas e a disponibilização da base de jurisprudência na Internet, além da criação de seu Portal na Web.
Em 2000, o TCE-RS passa a contar com a Regional de Santana do Livramento.
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Em 25 de novembro de 2002, durante a gestão do Conselheiro Gleno Scherer, foi inaugurado o Auditório Romildo Bolzan.
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Com capacidade para 250 pessoas, o auditório foi construído na extensão do prédio-sede do TCE-RS, dando-lhe a atual forma.
Em 2003, foram criadas as Câmara Especiais, para agilizar as auditorias, os exames e os julgamentos das contas dos gestores. Neste período, também foi criada a Ouvidoria do TCE-RS, oferecendo à cidadania novo recurso para o controle social.
Com a Lei Estadual nº 11.935/2003, de 24 de junho de 2003, instituiu-se a Escola Superior de Gestão e Controle Francisco Juruena (ESGC), com o que o TCE-RS atendeu ao preceito constitucional que prevê a manutenção de escolas de governo para a formação e aperfeiçoamento dos servidores. Em seu primeiro ano de existência, o TCE-RS contabilizou a participação de mais de três mil pessoas nos cursos, seminários, conferências e palestras oferecidas pela Instituição.
Em 2004, estabeleceu-se a Assessoria de Controle Interno, com a função de auditar as áreas do próprio Tribunal, apontando melhorias e sugerindo mudanças. Mais tarde, a ACI uniu-se à Assessoria de Planejamento e gestão (APG), dando origem à atual Assessoria de Gestão e Controle Interno (AGCI).
Em 2005, após uma auditoria externa de verificação da norma ISO 9001, realizada pela empresa BSI – Management Systems, o TCE-RS recebeu o selo em sua totalidade, sendo o primeiro Tribunal de Contas do País a receber a certificação internacional que reconhece a excelência da qualidade de gestão. Desde então, o selo vem sendo renovado periodicamente.
Em 2006, o TCE-RS recebeu o Troféu Bronze do Programa Gaúcho da Qualidade e Produtividade (PGQP).
Em 2008, foi inaugurado a Webradio TCE, com transmissão ao vivo das sessões de julgamento das Câmaras temáticas e do Pleno.
Em 2010, graças à reformulação do portal da Instituição na internet, dados completos da administração pública, processos de decisões e vídeos das sessões realizadas pela Corte passaram a ser disponibilizados à população, facilitando o controle social.
Dando continuidade à política de melhoria da gestão de pessoal a partir do aprimoramento dos planos de carreira e da preocupação com melhores condições de trabalho e saúde, em 2011 o TCE-RS foi agraciado com a premiação Top Ser Humano, concedida pela Associação Brasileira de Recursos Humanos (ABRH). Em 2013, a Instituição recebeu o Prêmio Oscar Alvear Urrutia, na categoria Excelência Profissional, concedido pela Federação Interamericana de Associações de Gestão Humana.
Em 2012, o TCE-RS realizou a sua primeira audiência pública, com o debate a respeito das medidas socioeducativas em meio fechado e o papel da Fundação de Atendimento Socioeducativo do Estado (Fase).
Em 2014, com a realização da Copa do Mundo de futebol no Brasil, o TCE-RS fiscalizou os projetos de mobilidade urbana desenvolvidos com recursos públicos em Porto Alegre, o que resultou em uma economia de cerca de R$ 43 milhões ao Erário. A redução se deu pela revitalização de orçamentos, correção de editais e celebração de aditivos contratuais para adequação de quantidade e preços de serviços.
Neste ano, também, o TCE-RS passou a promover o Prêmio Boas Práticas de Transparência na Internet, oferecido aos poderes Executivos e Legislativos municipais que se destacam no cumprimento da Lei de Acesso à Informação; e o prêmio TCE-RS de Jornalismo, que reconhece reportagens que tratem de temas relativos ao controle externo da Administração Pública, à boa gestão dos recursos públicos e ao combate à corrupção veiculadas em veículos impressos, rádio, televisão e Internet.
Ainda em 2014, o TCE-RS recebeu o prêmio Top Cidadania, concedido pela ABRH em reconhecimento ao programa Cidadania com Arte, desenvolvido pela ESGC.
Em 2015, novamente a ABRH concede o prêmio Top Ser Humano ao TCE-RS, em reconhecimento ao “Programa Mentoria: um novo olhar sobre acolhimento e desenvolvimento de Ingressantes”, promovido pelo Serviço de Recursos Humanos da Casa.
Em decorrência da pandemia do novo coronavírus, em 18 de março de 2020 o TCE- RS interrompeu, pela primeira vez na sua história, as atividades laborais presenciais em todas as suas sedes e passou a operar exclusivamente em regime de teletrabalho. A Instituição adotou soluções inovadoras para dar continuidade à fiscalização que que realiza em mais de 1.200 órgãos públicos de todo o Estado. Aliando recursos tecnológicos, novos procedimentos, fluxos e normas compatíveis com as restrições de mobilidade impostas pela pandemia, o TCE-RS estabeleceu parcerias com o Tribunal de Justiça, a Assembleia Legislativa, o Ministério Público, a Defensoria Pública, o poder Executivo e entidades representativas como Famurs, universidades e entidades da sociedade civil para discutir temas relevantes, como a Lei de Diretrizes Orçamentárias, e orientar as ações administrativas no sentido de promover a economia, a otimização e a qualidade da aplicação dos recursos públicos durante o período de pandemia. Foi elaborado e colocado em prática um Plano Emergencial de Fiscalização das ações de combate à pandemia, cujos benefícios resultaram em uma estimada economia de aproximadamente R$ 64,16 milhões aos cofres públicos.
A ESGC passou a promover e estimular cursos de aperfeiçoamento técnico virtuais que atraem a adesão de milhares de profissionais, além de webconferências reunindo especialistas e autoridades em diversas áreas do conhecimento e da gestão pública que contabilizaram mais de 70 mil visualizações de internautas em suas redes sociais.